另外，石应康一直坚持，医院发展应该凝聚于学科建设。在华西医院90年代末刚启动改革时，在资源有限的困境中，究竟是发展临床还是科研？石应康力排众议，坚持两条腿一起走路。

2000年开始规划建设科研大楼，招聘专做科研的博士生，领着和临床医护人员一样的工资，不治病人，就在实验室搞科研，曾引起专做临床医护人员的反感。

此外，石应康大举从海外引进医学人才。一位在2008年左右从美国回国的教授回忆，当年，石应康极力邀请他回华西医院，和其它抛出橄榄枝的国内医院不同，石应康承诺的390万元的人才引进费用，只有30万元用于住宅，其它的360万元费用都是科研经费支持，用于建立实验室和招聘实验室工作人员的费用。这位教授马上被打动，迅速归国，建立了科研实验室。

他还记得和石应康见面时谈话的场景：“人极其干脆利落，只谈重点，不谈细节。因为细节方面已经设置了一套一、二、三层次人才引进的制度标准，我当时符合第一层次人才的条件，马上行政部门就落实种种政策。”

尽管因为种种原因，这位教授只在华西医院工作了三年，但对于华西医院行政部门完全服务于科研和临床的作风，记忆犹新。

华西医院治疗疑难杂症的能力早在2010年左右就颇具知名度，各项指标和北京协和医院不相上下。当时石应康的考虑非常简单，四川的老百姓，去上海、北京非常麻烦，成本极高，华西就是整个西部疑难杂症的最后一道坎。

华西医院很早就开始鼓励医生收治疑难杂症病人，对学科发展有好处的病人。在医生绩效分配上，做80台胆囊手术和做一台肝移植的手术差不多。2019年，华西医院三四级疑难杂症已经达到89%。

华西医院在中国医院管理史上，还有一个创新，就是成立医院运营管理团队。南方某省的一位公立医院院长回忆起十年前第一次参观华西医院，听到科室经营的概念时，感到“非常惊奇”。在此后数年管理公立医院的过程中，他感慨：“华西医院的运营管理科，是华西医院行政管理中的秘密武器。”

最早，这一经验来自台湾长庚医院。

石应康在研究各国医院管理体制时，对台湾经验非常感兴趣，都是同样的文化，同为中国人，思维方式类似，可以借鉴。长庚医院创始人王永庆原本就是一名成功的企业家，医院运营管理，师承企业管理。

医院运营团队的建立，是医院由粗放式发展，过渡到精细化发展的必经之路。

2004年，石应康直接负责医院运营管理团队的建立，当时运营管理团队由28个人组成，5人是向社会招聘，其余是医院内选拔。这个体系建立起来非常难，并不是建立一个简单的部门，而是一个战略部门。

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