最艰难的改革，是在2006年，耗材采购权上收，从医生和科室自主决定，交由医院统一管理。一位执行此次改革的科主任回忆，那时一个耗材，有多家厂商供应，大专家们往往习惯已使用多年的某种耗材，如果换成其它耗材，即使会给整个医院节约成本，却会遭到大专家们的激烈反对。他们是医院改革中，比普通医生更难管理的群体。即便科主任反复做工作，有的专家就是不松口。最后，直到石应康和郑尚维两个人一同出面，用刚柔并济、胡萝卜加大棒的方式，才艰难地推动改革完成。

那位后勤管理人士回忆，石应康和郑尚维两人最大的特点是“不自私”。他在后勤工作多年，从未接到过这二人为任何供应商打招呼。共事20余年，石应康从未带他见过自己在华西工作的女儿。“自身干净，说话才有底气，改革才能彻底。”

2007年，华西医院主院区改建全部完成，因为床位扩张到4300张，一跃成为全球单点最大医院，一度被置于风口浪尖，石应康也被封为“砖头院长”。一些在改革中感觉利益受损的职工，怀恨在心，举报石应康者持续不断。一些在改革中付出努力的职工，对华西医院赚一点钱就扩张的战略不解，觉得付出得不到相应的回报，自身的收入并未得到匹配性的提高，觉得自己成为石应康实现理想过程中的炮灰。

2009年，新医改启动。此前的医改直接被国务院研究机构定义为“基本不成功”，公立医院规模扩张遭到了严重批判。高层不再强调将医院市场化，一些想要继续扩张的医院，除非像郑大一附院那样得到上级的支持，都或多或少地放慢了步子。

即便华西医院的扩张在2007年戛然而止，另一些支持它后续发展的改革也早已提前布局。2000年就开展的医院信息化建设；在2008年将区域的一二级医院链接起来，成为2019年全国力推的“医共体”。当时质疑者称，华西医院已率先将基层病人“虹吸”进华西医院。

创新：学科建设和运营管理中心

2007年至今，华西医院的规模扩张之路，业已停步12年。即便依旧一床难求，每天6000—10000张的候床入院证，只有五分之一的人可以被筛选入院，其余的人要等待半个月乃至更久，华西也没有继续扩张。

即便没有外界的质疑，在华西管理层的规划中，规模扩张也到了该停止的时候。2000年，石应康觉得华西医院发展至此，已到了需要继续加大投入科研，需要院士、国家重点实验室的地步，只靠临床治疗病人，赚点钱，不是长久之道。

华西医院改革团队的人士回忆当年，他们当时达成了一个共识：建医院不像搞房地产，不是盖了房子就能赚钱。新建一个科室，需要配备医生、护士，还需要麻醉科、检验科的支持，还要配备行政、后勤人员。而医疗人才培养是一个极其缓慢的过程。盲目扩张，而没有后续资源跟上，医疗质量势必会下降。

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